Oznacza to, że wody powierzchniowe powinny pozostawać w stanie ukształtowanym przez przyrodę i jednocześnie, na wyznaczonych odcinkach lub akwenach, być przydatne do: - wykorzystania w zbiorowym zaopatrzeniu w wodę do picia, - celów kąpielowych, -bytowania ryb łososiowatych lub przynajmniej karpiowatych, spełniając także odpowiednie wymagania na obszarach chronionych. Ten długofalowy cel nie jest możliwy do osiągnięcia do 2010 r. - powinien on być osiągnięty do 2015 r., tak jak to przewiduje dla wszystkich krajów Unii Europejskiej dyrektywa 2000/60/WE (tzw. Ramowa Dyrektywa Wodna). Również do 2015 r. należy osiągnąć co najmniej 75-procentowy poziom usuwania biogenów w dorzeczach Odry i Wisły. Zgodnie z wymaganiami Ustawy - Prawo wodne, konieczne jest także w zlewisku Morza Bałtyckiego (do którego należy 99,7% powierzchni Polski) nie tylko zapewnienie do 2015 r. 75- procentowej redukcji ładunku substancji biogennych ze ścieków komunalnych, ale także zaprzestanie do 2006 roku odprowadzania do Bałtyku substancji niebezpiecznych oraz istotne ograniczenie zrzutów pozostałych substancji, a także niedopuszczenie do przyrostu ładunku azotu ze źródeł rolniczych. Będzie to wymagać przewidzianej wspomnianą ustawą modernizacji, rozbudowy i budowy oczyszczalni ścieków, w tym: - modernizacji, rozbudowy i budowy do 2010 r. komunalnych oczyszczalni ścieków z podwyższonym usuwaniem biogenów, w aglomeracjach o liczbie równoważnych mieszkańców (RLM)=15000; - modernizacji, rozbudowy i budowy do 2015 r. komunalnych oczyszczalni ścieków, w aglomeracjach o liczbie równoważnych mieszkańców (RLM)=2000 (częściowo cel ten będzie zrealizowany do 2010 r.) Aby te cele mogły być osiągnięte, konieczna jest między innymi kontynuacja prowadzonych w ostatnich latach intensywnych działań w zakresie budowy oczyszczalni ścieków komunalnych i dalsze ograniczenie ładunków substancji niebezpiecznych wprowadzanych do wód ze źródeł przemysłowych. Wskazane wyżej cele długofalowe dotyczące jakości wód określają również cele i zadania w tym zakresie na lata 2003-2010. Należą do nich: - ograniczenie emisji zanieczyszczeń ze źródeł punktowych: miejskich, przemysłowych i wiejskich; - zmniejszenie ładunku zanieczyszczeń pochodzących ze źródeł przestrzennych (rozproszonych), trafiających do wód wraz ze spływami powierzchniowymi (przede wszystkim z terenów rolnych oraz z terenów zurbanizowanych). W przypadku punktowych źródeł zanieczyszczeń miejskich i wiejskich podstawowym zadaniem jest budowa oczyszczalni ścieków i systemów kanalizacji zbiorczej, a w przypadku wsi o zabudowie rozproszonej - także oczyszczalni przyjmujących ścieki dowożone taborem asenizacyjnym.

Dotychczas sprawy jakości wód powierzchniowych regulowane były głównie Rozporządzeniem MŚZNiL z 1991 roku. Przepisy prawne tego rozporządzenia łączyły zasady klasyfikacji ogólnej jakości wód z wykorzystaniem ich do różnych celów gospodarczych. Obecnie rozporządzenie z 1991 roku jest już nieaktualne. W związku z przystąpieniem Polski do UE nasze przepisy, znacznie różniące się od unijnych, zostały zmienione i dostosowane do obowiązujących w UE dyrektyw. Wszystkie polskie rozporządzenia zostały opracowane na podstawie analogicznych dyrektyw unijnych. Wszystkie też mają pewne cechy wspólne. Jakość wód powierzchniowych, które mogą być pozyskiwane do produkcji wody pitnej, reguluje Rozporządzenie Ministerstwa Środowiska z 2002 roku, opracowane na podstawie Dyrektyw UE. Rozporządzenie to ustala trzy kategorie jakości wody zależne od sposobu, w jaki będzie ona uzdatniana w zakładach wodociągowych: - kategoria A1 - woda najlepszej jakości, wymagająca tylko prostego uzdatniania fizycznego i dezynfekcji, - kategoria A2 - woda gorszej jakości, wymagająca bardziej zaawansowanego uzdatniania, - kategoria A3 - woda słabej jakości, wymagająca uzdatniania fizycznego, chemicznego i dezynfekcji. Dla każdej kategorii podano wykaz parametrów niezbędnych do oceny, wraz z wartościami dopuszczalnymi. Rozporządzenie polskie, jakkolwiek oparte na analogicznej dyrektywie, różni się od niej dość znacznie. Zaostrza w sposób istotny wymagania dotyczące jakości wody. Zaostrzenie to jest powodowane zwiększeniem liczby parametrów niezbędnych do oceny, podwyższeniem wartości granicznych dla niektórych parametrów, a przede wszystkim zmianą wartości granicznych w poszczególnych kategoriach jakości wody. W dyrektywie są dopuszczalne zawsze większe wartości od wartości zalecanych, tzn. warunki oceny są łagodniejsze, w rozporządzeniu natomiast wartości dopuszczalne są często równe zalecanym, co powoduje ocenę zaostrzoną. Takie zaostrzenie wymagań pociąga za sobą zwiększenie nakładów na ochronę wód przed zanieczyszczeniami. Na podstawie ogólnych wytycznych zawartych w Ramowej Dyrektywie Wodnej (2000/60/EU), w Polsce opracowano zasady klasyfikacji jakości wód, sposoby prowadzenia monitoringu, interpretacji i prezentacji wyników. Według Rozporządzenia Ministra Ochrony Środowiska z dnia 11 lutego 2004 roku w sprawie klasyfikacji dla prezentowania stanu wód powierzchniowych i podziemnych, sposobu prowadzenia monitoringu oraz sposobu interpretacji wyników i prezentacji stanu tych wód (Dz. U. Nr 32, poz. 284) nowa klasyfikacja wód obejmuje pięć klas czystości I, II, III, IV oraz V.