Rzeki województwa tworzą działy wodne II i III rzędu, wchodzące w skład dorzecza Wisły oraz I rzędu w dorzeczach Niemna i Pregoły. W dorzeczu Niemna, o powierzchni 1993,8 km2 w granicach województwa podlaskiego, głównymi ciekami są: Szeszupa oraz Czarna Hańcza i jej dopływ Marycha. W dorzeczu Pregoły znajdują się cieki: Błędzianka i Bludzia. Zlewnie głównych rzek posiadają w większości cechy typowe dla zlewni nizinnych. Dominują meandrujące koryta rzek, tworzące rozległe doliny, często o charakterze podmokłym i bagienno-torfowym. Znaczne obszary zlewni rzek pokrywają łąki i powierzchnie leśne, w tym obszary objęte, ze względu na walory przyrodnicze, różnorodnymi formami ochrony. Na terenie województwa podlaskiego znajduje się 54 większych rzek i cieków, które są objęte systematycznymi badaniami monitoringowymi z racji ich gospodarczego wykorzystania lub konieczności ochrony przed zanieczyszczeniem. Całkowita długość rzek objętych systematyczną kontrolą wynosi łącznie 1819,9 km.