Podstawowymi źródłami antropogenicznego zanieczyszczenia wód powierzchniowych są ścieki odprowadzane przez gospodarkę komunalną miast i wsi oraz przez zakłady przemysłowe. Istotny wpływ mają również spływy powierzchniowe szczególnie z terenów rolniczych, obciążone związkami biogennymi oraz toksycznymi pozostałościami po środkach ochrony roślin, choć w mniejszym stopniu. Przez zanieczyszczenia komunalne rozumiemy przede wszystkim ścieki miejskie, powstające na skutek działalności człowieka będące mieszaniną odpadów z gospodarstwa domowego, wydalin fizjologicznych człowieka i zwierząt domowych, odpadów ze szpitali, pralni i tych zakładów przemysłowych, które nie wymagają specjalnego oczyszczenia lub osobnego odprowadzania. W związku z tym ścieki komunalne mogą zawierać bardzo różne substancje. Ścieki w ogólnej swej masie zawierają przede wszystkim wodę, której ilość dochodzi nawet do 99,9%. Same więc ścieki stanowią w istocie niewielki procent ścieków. Znaczna jednak część tych zanieczyszczeń to związki organiczne (tłuszcze, białka, cukry), zawiesiny (ciała stałe). Występują również wirusy, bakterie chorobotwórcze (stałym elementem jest pałeczka okrężnicy Escherichia coli). Zanieczyszczenia przemysłowe mogą dostawać się do wód bezpośrednio, w postaci ścieków przemysłowych, lub z atmosfery jako zanieczyszczenia powietrza. Składają się głównie z kwasów mineralnych, zasad, soli metali ciężkich, cyjanków, substancji organicznych, olei mineralnych, tłuszczy, substancji utleniających (w tym wolny chlor), substancji redukujących (np. siarczków), barwników, fenoli i węglowodorów. Substancje te nie zawsze występują w stężeniach bezpośrednio trujących. Stanowią ponad połowę ogólnej ilości ścieków, czynią jednak wodę i produkty z niej pochodzące nieprzydatnymi do spożycia. Ścieki rolnicze dotyczą z jednej strony nawozów mineralnych i środków ochrony roślin, które przez wody opadowe są spłukiwane do zbiorników wodnych, z drugiej strony - ścieków z intensywnych hodowli zwierząt. Bezściółkowa hodowla bydła i trzody chlewnej w bardzo dużych fermach hodowlanych daje duże ilości gnojowicy i innych zanieczyszczeń biologicznych. Natomiast zanieczyszczenia powodowane przez nawozy sztuczne i środki ochrony roślin są związane z chemizacją rolnictwa. Chodzi głównie o nawozy azotowe, fosforowe i potasowe oraz o całą grupę środków zaliczanych do pestycydów Ilość ścieków komunalnych i przemysłowych, których odbiornikiem są wody powierzchniowe zmniejszyła się w ostatnim czasie. Zmniejszenie ilości ścieków wymagających oczyszczenia w gospodarstwach domowych i przemyśle jest następstwem racjonalizacji zużycia wody związanej z wprowadzeniem opłat, a spadek ilości nieoczyszczonych ścieków to skutek znacznych inwestycji w budowę oczyszczalni ścieków (w okresie 1989 - 2000 wybudowano około 7 tysięcy nowych oczyszczalni ścieków).