W celu zapobiegania i zwalczania szkodników w ekologicznej produkcji owoców stosuje się metody: agrotechniczne, mechaniczne i biologiczne, w tym: odpowiednie cięcie drzew i krzewów (szerokie kąty rozwidleń, luźne korony), koszenie liści truskawki po zbiorach, usuwanie pędów maliny, jesienne stosowanie przekompostowanego obornika w uprawie truskawek, ściółkowanie plantacji truskawek, mechaniczne wycinanie pędów porażonych przez choroby i szkodniki (np. mszyce), usuwanie opadłych liści, usuwanie porażonych owoców (np. mumii), wycinanie porażonych liści, niszczenie dziko rosnących roślin żywicielskich, zbieranie i niszczenie uszkodzonych organów roślin wraz z żerującymi na nich szkodnikami (np. przeziernikami, zwójkówkami).

Wśród biologicznych metod walki ze szkodnikami polecane jest stosowanie preparatów olejowych oraz Madexu i Carpovirusine przeciw owocówkom (wg. Żurawicza 2004). Ja wcześniej wspomniano stosowanie środków chemicznych jest zabronione w przypadku upraw ekologicznych, dlatego też poszukuje się alternatywnych rozwiązań. Aby chronić drzewa owocowe przed szkodnikami stosuje się różne naturalne substancje roślinne w formie wyciągów pochodzących z czosnku, cebuli, rumianku, skrzypu, pokrzywy, krwawnika, liści orzecha włoskiego, traw itp. mające na celu zwiększenia odporności roślin na niekorzystne czynniki chorobotwórcze.

W przypadku chwastów to usuwa się je metodami mechanicznymi, ręcznie lub maszynowo. Dodatkowo, aby zapobiegać ich pojawianiu się możliwe jest zastosowaniu specjalnych ściółek. Materiałem na ściółkę może być rozdrobniona słoma zbóż, siano, kompost, torf, kora drzewna, trociny, rozdrobniony papier, przekompostowane resztki roślinne lub odpadki organiczne. Aby ściółka spełniała swoje zadanie grubość warstwy powinna wynosić od 8 do 15 cm w zależności od zwięzłości użytego materiału.