Opracowane w MG zmiany w prawie przewidują zachowanie przez CBR obecnych przywilejów, a dodatkowo dają możliwość odliczania od podstawy opodatkowania kwoty wydatkowanej z funduszu innowacyjności. W efekcie CBR będą mogły dwukrotnie odpisywać ten sam koszt. Projekt ustawy oczekuje na rozpatrzenie przez Radę Ministrów.

Ulgi podatkowe na realizację zadań badawczych przez CBR zapewniają przepisy rozporządzenia MG w sprawie funduszu innowacyjności. Obowiązuje ono od 18 września br. Dokument pozwala CBR-om dokonywanie comiesięcznych odpisów na fundusz innowacyjności – specjalny rachunek bankowy, który posiada każde centrum. Odpisy stanowią koszt uzyskania przychodu, pomniejszając tym samym podstawę opodatkowania kosztów firmy przed ich faktycznym poniesieniem, w miesiącu odpisania ich na fundusz.

Jednak obecne zasady rachunkowości uniemożliwiają CBR-om dwukrotne odliczanie tego samego kosztu. Dlatego Centrum Badawczo-Rozwojowe ma możliwość zaliczenia odpisanej na fundusz innowacyjności kwoty do kosztów swojej działalności, ale po ich odliczeniu nie może zaliczać kosztów sfinansowanych ze środków funduszu do kosztów uzyskania przychodów, ani dokonywać amortyzacji środków trwałych, których zakup został sfinansowany z funduszu. Zmieni to nowelizacja ustaw o podatku dochodowym od osób fizycznych i o podatku dochodowym od osób prawnych.