Sprecyzowane założenia odnośnie przedmiotu ochrony, zapisane zostały w odpowiednich załącznikach: - Załączniku I dyrektywy "ptasiej" - wymienione w nim zostały gatunki ważnych dla Europy ptaków, których ochrona jest obowiązkiem Unii Europejskiej. - Załączniku I dyrektywy "siedliskowej" - wypunktowane są w nim typy siedlisk przyrodniczych o znaczeniu priorytetowym dla Wspólnoty. - Załączniku II dyrektywy "siedliskowej" - wymienia gatunki roślin i zwierząt (poza ptakami), których tereny występowania muszą być objęte specjalnym obszarem ochrony. W Europie wydzielono 9 regionów biogeograficznych (borealny, kontynentalny, atlantycki, alpejski, śródziemnomorski, makaronezyjski, czarnomorski, panoński i stepowy), w obrębie których odbywa się ocena ważności poszczególnych obszarów dla Europy. Podział taki ma usprawnić i ujednolicić prace specjalistów z całej Europy. Polska znajduje się na obszarze dwóch regionów biogeograficznych - kontynentalnego i alpejskiego (polska część łuku Karpat).

Obszary, by mogły wejść do sieci Natura 2000 muszą być poddane odpowiedniej procedurze. Przy czym istnieją spore różnice między wybieraniem obszarów do ostoi ptasich i terenów siedliskowych. Obszary ostoi ptasich są typowane i klasyfikowane przez Bird Life International (BLI), przy zastosowaniu jednolitej metodyki. Określane są obszary nie tylko UE ale także innych krajów. Obowiązkiem Kraju członkowskiego jest wyznaczenie "ptasich" obszarów zgodnie z listą przygotowaną przez BLI.. Obszary "siedliskowe" określane są odwrotnie. Inicjatywa wychodzi od państw członkowskich, które po sformułowaniu propozycji wysyłają je do Komisji Europejskiej. Decyzja zapada po rozpatrzeniu propozycji w kontekście poszczególnych regionów biogeograficznych.