Wymagania normy mogą wdrażać wszystkie przedsiębiorstwa, bez względu na ich wielkość czy rodzaj działalności, które stawiają sobie za cel zapobieganie zanieczyszczeniom środowiska. Sukces skutecznego wdrożenia systemu zależy głównie od najwyższego kierownictwa oraz pracowników organizacji.

Struktura normy ISO 14001:2004 opiera się, tak samo jak inne normy z serii ISO, na zasadach podejścia procesowego. Etapy jej wdrażania można przedstawić przy użyciu metody Planuj-Wykonaj-Sprawdź-Działaj, zwanej PDCA.

Przed przystąpieniem do wdrażania systemu zarządzania środowiskowego należy wybrać przedstawiciela najwyższego kierownictwa, który będzie odpowiedzialny za wdrożenie i utrzymanie systemu. Kolejnym etapem jest zdefiniowanie odpowiedzialności zespołu za wdrożenie poszczególnych elementów systemu.

Po wyznaczeniu przedstawiciela i zdefiniowaniu odpowiedzialności zespołu można przystąpić do wdrażania systemu zarządzania środowiskowego, zgodnie z podejściem PDCA, a mianowicie:
1. Planuj - określenie wymagań m.in. dotyczących wpływu na środowisko, ustalenie polityki środowiskowej zawierającej ogólne cele kierunkowe i zasady działania organizacji, zidentyfikowanie aspektów środowiskowych i ocena ich wpływu na środowisko, opracowanie planu zarządzania środowiskowego.
2. Wykonaj - wdrożenie ustalonych zadań i dokumentacji.
3. Sprawdź - sprawdzenie skuteczności funkcjonowania systemu poprzez system monitorowania i mierzenia, oceny skuteczności audytorów oraz przeglądy zarządzania.
4. Działaj - podejmowanie działań, mających na celu ciągłe doskonalenie funkcjonowania systemu zarządzania środowiskowego.

Przedsiębiorstwo posiadające system zarządzania środowiskowego może samowolnie poddać się certyfikacji przeprowadzanej przez niezależną jednostkę certyfikującą, która oceni, czy system działa w sposób zgodny z wymaganiami.

System zarządzania środowiskowego prowadzi do ciągłej poprawy wyników działań przedsiębiorstwa na rzecz ochrony środowiska. Po dłuższym okresie jego funkcjonowania może przynieść organizacji korzyści finansowe oraz obniżenie cen produktów/usług, co poprawi jego pozycję wśród konkurencji.