ISO 14001 i rozporządzenie EMAS można traktować jako dwie najważniejsze normy w zakresie zarządzania środowiskowego. ISO 14001 jest normą międzynarodową, natomiast rozporządzenie EMAS jest aktem prawnym umożliwiającym rejestrację organizacji w państwach członkowskich Unii Europejskiej. Organizacje, które planują dokonać zarówno rejestracji w systemie EMAS, jak i uzyskać certyfikat zgodności z normą ISO 14001 wykazują chęć systemowego podejścia do zagadnień związanych z ochroną środowiska. Zgodnie z normą ISO 14001 i rozporządzeniem EMAS systemy zarządzania środowiskowego opierają się na tym samym założeniu, które brzmi "niektóre organizacje skłonne są do podejmowania działań wybiegających poza obowiązki wynikające z przepisów prawa i mają ten sam cel: stałe ograniczanie negatywnego oddziaływania na środowisko poprzez stały nadzór nad działaniami, usługami i wyrobami związanymi ze znaczącymi aspektami środowiskowymi oraz stawianie i osiąganie realnych celów w tym zakresie".

Znormalizowane systemy zarządzania środowiskowego (zgodne z normą ISO 14001 lub rozporządzeniem EMAS) opierają się na modelu "planuj-wykonaj-sprawdż-działaj", który stanowi podstawę do wielu innych norm zarządzania. Przykładem mogą być normy zarządzania jakością ISO 9000 oraz normy OHSAS 18001 dotyczącej zarządzania w zakresie BHP.

Zgodnie z normą ISO 14001 i rozporządzeniem EMAS systemy zarządzania środowiskowego można porównać na podstawie kilku aspektów. Kwestia finansowa wiąże się z poniesieniem znacznych kosztów związanych z wdrożeniem, posiadaniem i doskonaleniem każdego z systemów zarządzania środowiskowego. Większą różnicę można zauważyć w aspekcie organizacyjnym. W znacznej mierze rozpowszechniany jest system zarządzania środowiskowego w oparciu o normę ISO 14001. Wiele organizacji podkreśla fakt, że jest on najbardziej wygodnym do pracy oraz jest systemem zarządzania środowiskowego przypisanym do organizacji a nie miejsca, przez co jest automatycznie najpowszechniej wdrażanym systemem na świecie. Kwestia stosowanych rozwiązań technologicznych w normie ISO 14001 i rozporządzeniu EMAS dotyczy ciągłej poprawy zarządzania środowiskowego przy zastosowaniu najlepszych i najbardziej opłacalnych technologii. W aspekcie prawnym ISO 14001 mówi o ustanowieniu i wykonywaniu procedury identyfikacji wymagań prawnych i innych. EMAS wdraża stosowne przepisy odnoszące się do środowiska. W praktyce różnica między rozporządzeniem EMAS a normą ISO 14001 polega na obowiązku publikowania deklaracji środowiskowej oraz innym podejściu do zgodności z prawem, co wynika z faktu, że w procedurę rejestracji w systemie EMAS zaangażowane są organy administracji odpowiedzialne za nadzór nad spełnianiem wymagań prawnych.

Różnice wynikające z powyższych dokumentów dotyczą przede wszystkim kwestii formalnych. W praktyce bowiem większość wdrażanych systemów opartych na normie ISO 14001 spełnia wymagania rozporządzenia EMAS. Można stwierdzić, iż wdrożenie systemu zarządzania środowiskowego w oparciu o normę 14001 jest pierwszym stopniem do rejestracji organizacji w systemie EMAS. Norma ISO 14001 i rozporządzenie EMAS odnoszą termin "organizacje" do wszystkich podmiotów wdrażających systemy zarządzania środowiskowego. Zaliczyć do nich należy zarówno przedsiębiorstwa prowadzące działalność produkcyjną i usługową, jak i organy administracji publicznej i instytucje pożytku publicznego.