Na etapie planowania i projektowania systemu zarządzania środowiskowego organizacja powinna przeanalizować i ocenić, które z tych jest w stanie zredukować. Samo wdrożenie systemu nie zapewnia szybkiej redukcji kosztów. Najważniejszym aspektem jest wybór tych obszarów organizacji, w których do tej pory nie przykładano uwagi do oszczędnego i racjonalnego gospodarowania energią i surowcami. Odpowiednio zaprojektowany system zarządzania środowiskowego może pomóc w określeniu możliwości ograniczania emisji i zużyć, a co za tym idzie zmniejszenia kosztów.

System zarządzania środowiskiem ma za zadnie przyczynić się do ograniczenia negatywnego wpływu organizacji na środowisko poprzez zapobieganie powstawaniu zanieczyszczeń. Biorąc pod uwagę działania związane z redukcją zanieczyszczeń należy pamiętać o ewentualnych nakładach inwestycyjnych na zaawansowane technologicznie urządzenia. Zastosowanie nowych technologii usprawniających proces redukcji zanieczyszczeń również będzie wymagało nakładów związanych z eksploatacją instalacji zmniejszających negatywne wpływy (np. oczyszczalni ścieków).

Opłaty związane z korzystaniem ze środowiska są obliczane na podstawie ilości zanieczyszczających substancji emitowanych przez przedsiębiorstwo. Zidentyfikowanie tych procesów, które umożliwią ograniczenie emisji przyczyni się w znacznym stopniu do redukcji kosztów opłat dyktowanych przez system ochrony środowiska działający w Polsce.

Z punktu wiedzenia przedsiębiorstwa niezwykle istotne jest  stałe monitorowanie emisji i ilości wytwarzanych odpadów. Monitoring pozwala bowiem uniknąć możliwości przekroczenia dopuszczalnych limitów, a co za tym idzie uniknięcia kar. Monitorowanie emisji może także ułatwić wczesne identyfikowanie potencjalnych sytuacji awaryjnych. Zmniejszenie ryzyka związanego z wystąpieniem awarii środowiskowych i potencjalnych wypadków może być premiowane przez towarzystwa ubezpieczeniowe i przekładać się na obniżenie składek.

Sprawny system zarządzania środowiskowego może również zwiększyć produktywność i zaangażowanie pracowników. Z tym aspektem wiąże się zmniejszenie kosztów pracy, których poziom będzie podyktowany strukturą i specyfiką działalności organizacji.