Weryfikację należy dokonać od razu po wdrożeniu systemu HACCP. Zazwyczaj zajmują się tym członkowie zespołu HACCP, a zwłaszcza osoby odpowiedzialne za weryfikowane czynności lub proces. Jednak nie można zaprzestać na  tej jednej weryfikacji. Należy ją dokonywać zawsze po wprowadzeniu zmian, w razie zaistnienia problemów oraz w określonych przez organizację odstępach czasu.

Przeprowadzanie weryfikacji może odbywać się przy pomocy auditów wewnętrznych przeprowadzanych przez członków zespołu HACCP, auditów zewnętrznych przeprowadzanych przez niezależne jednostki, pobieranych losowo próbek.

Czynności weryfikacyjne mogą obejmować badania wyrobu gotowego, analizę wyników badań, przegląd planu HACCP, przegląd zapisów, krytycznych punktów kontrolnych wraz z ich parametrami.

Weryfikacja wdrożonego i funkcjonującego już systemu HACCP może doprowadzić do jego modyfikacji.

Podczas weryfikacji systemu należy pamiętać o sporządzaniu raportów weryfikacyjnych. Powinny one zaigrać informacje dotyczące planu HACCP oraz osób odpowiedzialnych, statusu zapisów związanych z monitorowaniem CCP, danymi z monitoringu, świadectw z kalibracji i legalizacji aparatury pomiarowo-kontrolnej, odchyleń i działań korygujących itp.