Przedsiębiorstwo dążące do skutecznego wdrożenia i funkcjonowania systemu HACCP ma za zadanie opracować dokumentację wraz z zapisami i nadzorować ją na bieżąco. Wszystkie procedury HACCP muszą zostać udokumentowane i przedstawione do zapoznania się z nimi wszystkim pracownikom organizacji. Dokumentacja powinna być opracowana w sposób czytelny i zrozumiały dla pracownika.

Dokumentacja systemu HACCP powinna zawierać:
1. Plan HACCP,
2. Dokumenty opisujące funkcjonowanie systemu (zapisy).

Plan HACCP jest niezbędny w celu wdrożenia systemu. Zawiera opracowane procedury, instrukcje, dokumenty dotyczące kolejnych etapów wdrażania systemu, opisy produktów, schemat wraz z opisem procesy produkcyjnego oraz dokładne opisy analizy zagrożeń wraz z wyznaczonymi Krytycznymi Punktami Kontrolnymi CCP, limitami krytycznymi, działaniami prewencyjnymi i naprawczymi.

Jeżeli w zakładzie funkcjonuje Dobra Praktyka Produkcyjna (GMP) oraz Dobra Praktyka Higieniczna (GHP) to dokumenty te powinny zostać włączone do planu HACCP. W takiej sytuacji tworzy się Księgę HACCP, w której skład wejdą powyższe procedury, instrukcje i inne dokumenty GHP i GMP.

Dokumenty opisujące funkcjonowanie systemu powstają w wyniku prowadzenia pomiarów jak również różnego typu analiz i przeglądów. Powinny zawierać:
- przyjęcie i ocenę jakości surowców,
- rejestry kontroli parametrów w CCP i CP,
- dokumentację prowadzenia mycia i dezynfekcji,
- dane z monitorowania CCP,
- działania prewencyjne,
- działania korekcyjne,
- szkolenia pracowników,
- protokoły z auditów,
- rejestr zmian w dokumentacji,
- przeglądy kierownictwa.

Pracownicy zatrudnieni przy linii produkcyjnej powinni posiadać kopie dokumentów systemu HACCP związanych z ich działalnością i odpowiedzialnością.

Zapisy systemu należy codziennie analizować, np. pod kątem ich aktualności. Zazwyczaj zajmuje się tym osoba wyznaczona przez najwyższe kierownictwo (Przewodniczący Zespołu ds. HACCP) odpowiedzialna za funkcjonowanie systemu. Nieaktualne zapisy należy przechowywać przez określony czas (np. dwa lata), zaś aktualne gromadzić w określonych miejscach.

Dokumentacja systemu HACCP jest jednym z głównych dowodów, iż system funkcjonuje. Teraz zostaje tylko ją nadzorować i stale aktualizować.