Certyfikacja systemu HACCP nie jest obowiązkowa. Organizacje chcące uzyskać certyfikat zgodności istniejącego systemu muszą postępować zgodnie z następującym schematem:
1. Zaplanować wdrożenie systemu HACCP.
2. Przeszkolić pracowników.
3. Opracować dokumentację.
4. Wdrożyć system.
5. Nadzorować wdrożony system.
6. Przeprowadzić audity wewnętrzne.
7. Zgłosić potrzebę certyfikacji systemu zewnętrznej firmie certyfikującej.

Wybór jednostki certyfikującej należy do przedsiębiorstwa. Jednostek takich jest bardzo dużo, co umożliwia wybór najlepszej. Jednostka ta po otrzymaniu zgłoszenia dotyczącego przeprowadzenia certyfikacji ustali termin przeprowadzenia auditu zewnętrznego. Podczas auditu auditorzy zewnętrzni będą sprawdzać zgodność wdrożonego i funkcjonującego systemu HACCP z wymaganiami. W sytuacji wykrycia niezgodności zostanie ustalona data, do momentu której organizacja będzie miała za zadanie podjąć działania korygujące i usunąć je. Po dokonaniu tych czynności zostanie przydzielony jej certyfikat świadczący o spełnieniu zasad HACCP.

Zarówno audit certyfikujący, jak i audity okresowe są dobrym sposobem na spełnienie jednej z zasada systemu HACC, tzn. weryfikacji poprawności działania systemu.

Uzyskanie certyfikatu zwiększy zaufanie obecnych i potencjalnych odbiorców naszego towaru. Zapewni on, że nasze produkty nie stanowią zagrożenia dla zdrowia konsumenta. Posiadanie certyfikatu może również doprowadzić do zwiększenia się liczby naszych odbiorców nie tylko w kraju, ale również z zagranicy.